El principal río que cruza el municipio es el río Estelí que es el que forma el Salto de la Estanzuela.
El río Estelí, por su alto nivel de contaminación y al alto índice de despale de sus cuencas y de su ribera, los organismos gubernamentales y no gubernamentales han implementado un plan de manejo de aguas negras y reforestación para tratar de estabilizar la contaminación del río.
El río cuenta con un gran sentido histórico indígena; en la cabecera del río se encuentra gran cantidad de piedras con figuras hechas por los indígenas de la comunidad primitiva de Estelí, son piedras de origen volcánico, incisas en bajo relieve, con figuras de los elementos de la naturaleza, los puntos cardinales, reflejando así rasgos de su cosmovisión.
